空间转录组学

技术背景

       10X Visium HD系统可以将普通FF和FFPE组织切片HE染色、免疫荧光染色后的目的区域转录组分析物，转移到Visium玻片上，保留组织切片的空间转录组信息，通过生物信息学分析组织空间细胞组成、空间基因表达、空间细胞间通讯，发掘新的生物标志物。

技术平台

        空间转录组学检测平台是基于10X Visium HD的检测系统，在Visium HD芯片的6.5mmX6.5mm的区域，包含了大约1100万个2μm x 2μm的 barcoded square，每个barcoded square作为一个亚细胞级别的独特spatial barcode，允许将基因表达数据映射回特定的square，将切片转录组空间信息映射到Visium芯片中，通过反转录、建库和测序分析获得样本的转录组空间信息。

检测流程

平台优势

• 组织空间单细胞水平分析细胞组成和亚群构成

• 空间单细胞间通讯分析

• 空间单细胞基因表达分析

       

应用领域

样本类型及要求

接受样本类型

       新鲜冷冻组织

       石蜡组织/石蜡切片

样本要求

       组织形态学检测：冰冻切片或石蜡切片，普通 H&E 染色，样本符合客户研究目的，组织形态上完整，无大的裂痕、冰晶形成而产生的空泡、褶皱等。

        RNA 完整性检测：切片提取 RNA，Agilent 2100检测 RIN 值，理想情况下 RNA RIN 值应大于4。